Costituita ai primi dell'Ottocento, per salvare le tante opere d'arte degli enti ecclesiastici soppressi dai Francesi, ha sede nell'ex noviziato gesuita di Sant'Ignazio nel quartiere universitario della città di Bologna.
Il museo, oggi completamente rinnovato (1997) nelle sue strutture secondo i più moderni criteri conservativi e museografici, offre ai visitatori un'affascinante percorso attraverso la pittura emiliana dal XIII al XVIII secolo.
Accanto ai capolavori di Vitale da Bologna, Ercole de Roberti, Francesco Francia e Parmigianino,troviamo il polittico di Giotto, la famosissima Santa Cecilia di Raffaello, e ancora opere del Perugino e dei Veneziani Tiziano e Tintoretto.
La sezione del Barocco annovera poi quasi tutti i protagonisti del Seicento Italiano da Agostino, Ludovico e Annibale Carracci, al Guercino e Domenichino, fino alle stupende tele del "divino" Guido Reni.

L' "Estasi di S. Cecilia" realizzata fra
il 1515 e 1518 da RAFFAELLO
per la Chiesa di S. Giovanni in Monte

Il polittico di GIOTTO
(firmato "Opus Magistri locti de Florentia").

Conversione di San Paolo
Realizzata da Ludovico Carracci per la cappella
di famiglia Emilio Zambeccari inSan Francesco
dall''agosto del 1587.

Madonna con il Bambino e i santi Domenico, Francesco, Marta e Maddalena (detta Madonna Bargellini) Si tratta della prima opera firmata e datata da
Ludovico Carracci e fu commissionata dalla famiglia Bargellini per una cappella della chiesa delle monache Convertite in via Lame.

Strage degli innocenti
Dipinto di Guido Reni celebratissimo nella
letteratura artistica
fu eseguito per i Conti Berò, proprietari di
una cappella nella chiesa di San Domenico.

Pietà e i santi Petronio, Domenico,
Carlo Borromeo,Francesco d'Assisi e Procolo
(detta Pietà dei mendicanti)
Ordinata all'artista Guido Reni dal Senato di Bologna,
fu collocata sull'altare maggiore della chiesa di
Santa Maria della Pietà il 13 novembre 1616.

San Sebastiano curato da Irene
Eseguito da Giovanni Francesco Barbieri
detto il Guercino nel 1619 per il cardinale
Jacopo Serra, legato di Ferrara.
Giovanni Francesco Barbieri detto il Guercino

Madonna del passero
Si tratta di una delle opere più famose
del Guercino nella sua fase giovanile,
databile per la compattezza delle figure e
per il forte realismo intorno al 1615-1616.

Madonna col Bambino in gloria e i santi Michele Arcangelo,
Caterina d'Alessandria, Apollinare e Giovanni Evangelista
Eseguita da Pietro Vannucci detto il Perugino dopo il 1497,
forse già allo scadere del secolo per la cappella Scarani
in San Giovanni in Monte.